超臨界萃取裝置的工藝流程是根據不同的萃取對象和為完成不同的工作任務而設置的。主要分為提取段和分離段，其中提取段指溶質由原料轉移至二氧化碳流體過程，分離段指溶質和二氧化碳分離及不同溶質間的分離。在超臨界二氧化碳萃取的實際操作過程中會受到很多因素的影響，而導致我們采用不同的萃取工藝流程。

　　基于超臨界萃取裝置的眾多優勢，其在天然香料、精油等萃取分離方面有著越來越廣泛的應用。

　　天然植物的不同部位，所含化學成分方面各有特點。一般花、果實、根及根莖多含芳香性揮發油成分；莖、皮、葉等部位含色素類、果膠類物質較高，揮發性成分相對較少；果實、種子高級脂肪酸和油脂含量相對較高等。在采用超臨界萃取裝置技術對植物進行提取時，根及根莖、莖、皮、果的提取一般較易操作和更有應用潛力。一方面它們的原料堆密度較大（一般在0.5g/cm3左右），有效成分相對含量較高，選擇性易于調控，借用一般解析或結合精餾等手段即可獲得多個不同性質和用途的產品；另一方面，萃取物中的黏質成分少，不易污染和堵塞氣路，萃取后設備清洗容易，使得實際生產成本降低。這兩方面的優勢使其與傳統方法相比具有較強的競爭力。

　　超臨界萃取裝置具有親脂性的性質，對芳香類物質、精油類等低極性物質有良好的溶解性，整個萃取分離過程在低溫、高壓下進行，無化學反應，無溶劑殘留，保留成分原有的香味、色澤、活性，整個過程實際上就是一個物理的氣液分離過程，特別適合不穩定天然產品和生理活性物質的分離精制，符合上天然健康的潮流，超臨界萃取裝置已成為獲得高質量天然提取物和精油的有效工藝手段之一。尤其在在天然香料、精油方面的應用已成為超臨界CO2技術工業化成功的領域。